石垣島は、八重山諸島の交通、経済の中心ということもあり、古くから開発が進んでいます。マングローブの林など、貴重な林が広がっていますが、森林の面積は多くありません。石垣島は、北部は山がちで、南は主に海岸が広がっています。
森林同様、生物も貴重な種類が多く生息しています。隣接する西表島と共通する種が多いのも特徴です。ただし、イリオモテヤマネコはいません。北部の米原のノヤシ林は貴重な林で、天然記念物に指定されています。

石垣島の生物は、西表島と共に、固有の動植物、つまり固有種が多いのが特徴です。なかでも以下のものは、その名前に「石垣」がついている代表的なものです。

たとえば、脊椎動物には、イシガキトカゲやイシガキカエルウオ、イシガキヒヨドリがいます。また、昆虫には、イシガキトゲウスバカミキリやイシガキニイニイがいます。その他の無脊椎動物としてはイシガキヌマエビがいます。

また、植物としてはイシガキスミレ、イシガキキヌラン、イシガキタキミシダがいます。

2007年8月1日には、石垣島の一部、正確にはその面積の約3割にあたる約7000haが西表国立公園へ編入されました。それによって、名称は「西表石垣国立公園」に変更されました。これにより、サンゴ礁で名高いで、かつて新空港問題で名高いとなった、白保地区なども「海中公園地区」とされました。海中公園の面積は国内最大といわれます。

また、宮良川河口にはマングローブの林が広がり、国内最大の面積をもちます。

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